新疆医科大学第一附属医院第二病房楼为框剪结构，地上十二层，建筑面积68608.20平方米；地下三层，建筑面积为21009.20平方米。全楼各类功能科室及病房的床位数量1491张。楼内普通科室配置三种医用气体：氧气、负压及压缩空气。